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L’altération de la microflore orale peut entrainer le développement de bactéries commensales ou pathogènes impliquées dans des infections locales ; les bactéries représentent la plus grande cause des pathologies orales.

Tout d’abord, les caries dentaires : avec un taux de prévalence de près de 100% chez les adultes et entre 60 et 90% des enfants en âge d’être scolarisés dans le monde (WHO), ce sont des pathologies infectieuses d’origine bactérienne, entrainant la destruction  de l’émail, de l’ivoire et /ou du ciment des dents. Streptococcus mutans, bactérie cariogénique présente natuellement chez les sujets sains, est la principale responsable de ces infections (Laleman 2014). D’autres bactéries sont aussi mises en cause, comme S. sobrinus, qui agit en synergie avec S. mutans  en supprimant les réponses immunitaires spécifiques de l’hôte, ou encore Actinomycetes qui colonise et détruit la dent. 

La gingivite, est une inflammation de la gencive causée par des bactéries ou par l’accumulation de plaque dentaire, qui touche la moitié de la population adulte. Dans les cas les plus sérieux, non soignés, cette pathologie peut évoluer en périodontite (détérioration de l’os), cause majeure de la perte de dents. Plusieurs bactéries anaérobiques vivant à l’abri de l’oxygène dans les cavités gingivales ou dans la plaque dentaire sont mises en cause : Porphyromonas gingivalis, Actinobacillus actinomycetemcomitans, Actinomyces odontolyticus, Actinomyces naeslundii…

L’halitose, ou mauvaise haleine, affecte près de 25% des populations européenne, américaine et japonaise, et 6% de la population a une mauvaise haleine permanente (Filippi & Meyer 2004). Cet état peut avoir de sérieuses conséquences sur la qualité de vie : aux Etats Unis, près d’un milliard de dollars est dépensé chaque année pour lutter contre la mauvaise haleine, qui est principalement causée par un composant sulfuré volatile produit par des bactéries anaérobiques Gram négatives.

La candidose est une autre infection fréquente provoquée par la levure Candida albicans. Dans des conditions normales, C. albicans est une levure commensale présente dans 80% des bouches. Dès qu’un déséquilibre de la flore apparait, C. albicans prend le dessus et cause l’infection.

Les infections de la sphère ORL peuvent également être générées par un déséquilibre de la microflore de la cavité orale, avec par exemple des pharyngites à streptocoques (principalement dues à S. pyogenes), des otites aigues …